MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Sinorhizobium fredii USDA 257 plasmid pUSDA257

Total Repeats: 197

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_018194	CGGC	2	8	49	56	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
2	NC_018194	CGGT	2	8	105	112	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
3	NC_018194	CG	3	6	124	129	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
4	NC_018194	TTCG	2	8	169	176	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
5	NC_018194	A	6	6	207	212	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_018194	GAA	2	6	325	330	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
7	NC_018194	GCC	2	6	421	426	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
8	NC_018194	GAT	2	6	434	439	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
9	NC_018194	GAA	2	6	476	481	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
10	NC_018194	GCC	2	6	618	623	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
11	NC_018194	GCA	2	6	700	705	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
12	NC_018194	GCGG	2	8	738	745	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
13	NC_018194	AT	3	6	758	763	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_018194	T	6	6	770	775	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_018194	CTC	2	6	825	830	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
16	NC_018194	AG	3	6	879	884	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
17	NC_018194	AG	3	6	927	932	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
18	NC_018194	AGT	2	6	944	949	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
19	NC_018194	A	6	6	984	989	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_018194	GCGA	2	8	1045	1052	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
21	NC_018194	GCCT	2	8	1138	1145	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
22	NC_018194	CCA	2	6	1261	1266	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	398356371
23	NC_018194	CGAA	2	8	1270	1277	50 %	0 %	25 %	25 %	398356371
24	NC_018194	GC	3	6	1296	1301	0 %	0 %	50 %	50 %	398356371
25	NC_018194	GCC	2	6	1379	1384	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356371
26	NC_018194	CATC	2	8	1414	1421	25 %	25 %	0 %	50 %	398356371
27	NC_018194	AGCC	2	8	1444	1451	25 %	0 %	25 %	50 %	398356371
28	NC_018194	AGC	2	6	1679	1684	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356371
29	NC_018194	CAT	2	6	1759	1764	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	398356371
30	NC_018194	AG	3	6	1887	1892	50 %	0 %	50 %	0 %	398356371
31	NC_018194	CTT	2	6	1903	1908	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	398356371
32	NC_018194	ATTG	2	8	1947	1954	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
33	NC_018194	GCC	2	6	2025	2030	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
34	NC_018194	CCA	2	6	2054	2059	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
35	NC_018194	GATT	2	8	2120	2127	25 %	50 %	25 %	0 %	398356372
36	NC_018194	GC	3	6	2158	2163	0 %	0 %	50 %	50 %	398356372
37	NC_018194	ACGCT	2	10	2179	2188	20 %	20 %	20 %	40 %	398356372
38	NC_018194	AAC	2	6	2305	2310	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	398356372
39	NC_018194	GCAC	2	8	2395	2402	25 %	0 %	25 %	50 %	398356372
40	NC_018194	GGC	2	6	2422	2427	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356372
41	NC_018194	TCC	2	6	2452	2457	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	398356372
42	NC_018194	CTT	2	6	2472	2477	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	398356372
43	NC_018194	TCCA	2	8	2502	2509	25 %	25 %	0 %	50 %	398356372
44	NC_018194	GGT	2	6	2514	2519	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	398356372
45	NC_018194	ATT	2	6	2568	2573	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	398356372
46	NC_018194	TGA	2	6	2627	2632	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	398356372
47	NC_018194	TTGA	2	8	2646	2653	25 %	50 %	25 %	0 %	398356372
48	NC_018194	GC	3	6	2676	2681	0 %	0 %	50 %	50 %	398356372
49	NC_018194	CGTG	2	8	2693	2700	0 %	25 %	50 %	25 %	398356372
50	NC_018194	CCTG	2	8	2765	2772	0 %	25 %	25 %	50 %	398356372
51	NC_018194	TCC	3	9	2803	2811	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	398356372
52	NC_018194	CTT	2	6	2847	2852	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	398356372
53	NC_018194	GATCC	2	10	2865	2874	20 %	20 %	20 %	40 %	398356372
54	NC_018194	TTGT	2	8	2875	2882	0 %	75 %	25 %	0 %	398356372
55	NC_018194	GGCC	2	8	2883	2890	0 %	0 %	50 %	50 %	398356372
56	NC_018194	GCT	2	6	2989	2994	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356372
57	NC_018194	CTG	2	6	2995	3000	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356372
58	NC_018194	CAT	2	6	3005	3010	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	398356372
59	NC_018194	GCC	2	6	3033	3038	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356372
60	NC_018194	AATT	2	8	3045	3052	50 %	50 %	0 %	0 %	398356372
61	NC_018194	CCT	2	6	3098	3103	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	398356372
62	NC_018194	CAT	2	6	3144	3149	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	398356372
63	NC_018194	CAGC	2	8	3169	3176	25 %	0 %	25 %	50 %	398356372
64	NC_018194	CTC	2	6	3260	3265	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	398356372
65	NC_018194	CTT	2	6	3341	3346	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	398356372
66	NC_018194	TGC	2	6	3370	3375	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356372
67	NC_018194	TGC	2	6	3410	3415	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356372
68	NC_018194	AGC	2	6	3418	3423	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356372
69	NC_018194	AGAT	2	8	3442	3449	50 %	25 %	25 %	0 %	398356372
70	NC_018194	TCA	2	6	3547	3552	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	398356372
71	NC_018194	CA	3	6	3821	3826	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
72	NC_018194	ACA	3	9	3824	3832	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
73	NC_018194	AGCAT	2	10	3886	3895	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
74	NC_018194	ATA	2	6	3915	3920	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	398356373
75	NC_018194	GCTGA	2	10	3938	3947	20 %	20 %	40 %	20 %	398356373
76	NC_018194	TTG	2	6	3993	3998	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	398356373
77	NC_018194	CTC	2	6	4022	4027	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	398356373
78	NC_018194	CAG	2	6	4033	4038	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356373
79	NC_018194	CGT	2	6	4075	4080	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356373
80	NC_018194	TC	3	6	4169	4174	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
81	NC_018194	CGC	2	6	4269	4274	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
82	NC_018194	GAA	2	6	4276	4281	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
83	NC_018194	AAG	2	6	4293	4298	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
84	NC_018194	GC	3	6	4324	4329	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
85	NC_018194	GCA	2	6	4405	4410	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
86	NC_018194	A	6	6	4427	4432	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_018194	ATC	2	6	4546	4551	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
88	NC_018194	GGCAA	2	10	4591	4600	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
89	NC_018194	ACGG	2	8	4606	4613	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
90	NC_018194	CAT	2	6	4647	4652	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
91	NC_018194	GCTG	2	8	4677	4684	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
92	NC_018194	GCGA	2	8	4767	4774	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
93	NC_018194	TTG	2	6	4817	4822	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
94	NC_018194	GCC	2	6	4834	4839	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
95	NC_018194	CCA	2	6	4874	4879	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
96	NC_018194	TTC	2	6	4960	4965	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
97	NC_018194	CCG	2	6	5024	5029	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
98	NC_018194	GCC	2	6	5250	5255	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356374
99	NC_018194	TCG	2	6	5287	5292	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356374
100	NC_018194	GGC	2	6	5306	5311	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356374
101	NC_018194	TCCG	2	8	5324	5331	0 %	25 %	25 %	50 %	398356374
102	NC_018194	AC	3	6	5341	5346	50 %	0 %	0 %	50 %	398356374
103	NC_018194	CAA	2	6	5415	5420	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	398356374
104	NC_018194	CCG	2	6	5545	5550	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356374
105	NC_018194	CGAGC	2	10	5585	5594	20 %	0 %	40 %	40 %	398356374
106	NC_018194	GTG	2	6	5606	5611	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	398356374
107	NC_018194	CG	3	6	5675	5680	0 %	0 %	50 %	50 %	398356374
108	NC_018194	GT	3	6	5699	5704	0 %	50 %	50 %	0 %	398356374
109	NC_018194	ACC	2	6	5716	5721	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	398356374
110	NC_018194	GC	3	6	5733	5738	0 %	0 %	50 %	50 %	398356374
111	NC_018194	CG	4	8	5743	5750	0 %	0 %	50 %	50 %	398356374
112	NC_018194	TCA	2	6	5788	5793	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	398356374
113	NC_018194	GCC	2	6	6032	6037	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356375
114	NC_018194	TGAC	2	8	6141	6148	25 %	25 %	25 %	25 %	398356375
115	NC_018194	CAG	2	6	6155	6160	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
116	NC_018194	GAG	2	6	6361	6366	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	398356376
117	NC_018194	CGC	2	6	6412	6417	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356376
118	NC_018194	CGC	2	6	6420	6425	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356376
119	NC_018194	ATC	2	6	6449	6454	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	398356376
120	NC_018194	TCG	2	6	6459	6464	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356376
121	NC_018194	AGC	2	6	6527	6532	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356376
122	NC_018194	TGC	2	6	6621	6626	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356376
123	NC_018194	GTT	2	6	6639	6644	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	398356376
124	NC_018194	CGC	2	6	6682	6687	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356376
125	NC_018194	GCCT	2	8	6771	6778	0 %	25 %	25 %	50 %	398356376
126	NC_018194	AGC	2	6	6806	6811	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356376
127	NC_018194	CCG	2	6	6826	6831	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356376
128	NC_018194	GCA	2	6	6850	6855	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356376
129	NC_018194	TGC	2	6	6883	6888	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356376
130	NC_018194	CGC	2	6	6979	6984	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356376
131	NC_018194	GAT	2	6	7079	7084	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	398356376
132	NC_018194	CGCA	2	8	7158	7165	25 %	0 %	25 %	50 %	398356376
133	NC_018194	ATG	2	6	7184	7189	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	398356376
134	NC_018194	CGT	2	6	7209	7214	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356376
135	NC_018194	GC	4	8	7281	7288	0 %	0 %	50 %	50 %	398356376
136	NC_018194	CGG	2	6	7327	7332	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356376
137	NC_018194	TTG	2	6	7374	7379	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	398356376
138	NC_018194	TA	3	6	7388	7393	50 %	50 %	0 %	0 %	398356376
139	NC_018194	TGC	2	6	7423	7428	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356376
140	NC_018194	CCGT	2	8	7480	7487	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
141	NC_018194	AGCG	2	8	7504	7511	25 %	0 %	50 %	25 %	398356377
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162	NC_018194	CGGT	2	8	8620	8627	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
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197	NC_018194	GC	3	6	10184	10189	0 %	0 %	50 %	50 %	398356380

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.